Насколько я помню идея в том-то и состояла чтоб не тащить за собой тяжелый гстример на компе.
Я всю неделю старался заставить FFmpeg пахать под C# (библиотеки avcodec, avformat, avutil и т.п.), но он упорно отказывался. Возможно все дело в том что нужно юзать его в неуправляемом коде, т.е. надо писать нативную dll на C++, а это надо вникать в плюсы, я их лет 15 не трогал.
Можно попробовать и через гстример ... это надо покурить гстример шарп.